O agente Mulder trabalha no projeto “Arquivos Secretos”. Esse projeto consiste na investigação de crimes estranhos cometidos por criaturas incomuns. Além disso, nos arquivos desse projeto há registros sobre vampiros, lobisomens, alienígenas e outras criaturas inexplicáveis do ponto de vista científico, e algumas dessas criaturas foram criadas pelos próprios cientistas. E ele acredita incondicionalmente que há uma infinidade dessas pessoas — e não-pessoas. Já a chefia se mostra cética em relação ao trabalho do jovem agente e, para tentar conter de alguma forma sua imaginação desenfreada e seu entusiasmo, designa Dana Scully como sua parceira. Ela é uma agente com doutorado e experiência como professora universitária, além de ser extremamente cética. Ela encara tudo em que Mulder acredita com enorme desconfiança e tenta refutar cada argumento de seu parceiro, esmagando-o com fatos e evidências científicas. Talvez Mulder também não acreditasse em tudo que é sobrenatural, mas, quando criança, sua irmã mais nova foi sequestrada bem diante dos seus olhos. E não por pessoas, mas por verdadeiros alienígenas. O jovem agente precisa, a qualquer custo, descobrir a verdade e trazer de volta sua amada irmãzinha; é por isso que ele trabalha no projeto “Arquivo X”. Já Dana Scully terá que se convencer, por experiência própria, de que o sobrenatural existe. E, às vezes, esse sobrenatural é muito mais assustador do que nos filmes mais aterrorizantes.