Depois de se tornarem párias por causa do lodo radioativo, quatro tartarugas estavam condenadas a morrer, mas, felizmente, foram encontradas pelo mesmo mutante, um rato solitário chamado Splinter. Tomando as crianças para si, ele as criou como se fossem seus próprios filhos. O pai adotivo não só conseguiu manter os meninos vivos, como também os transformou em guerreiros destemidos por meio de treinamento diário. Quando a cidade precisava de ajuda, os quatro se arriscavam para ajudar. Isso se repetiu várias vezes, apesar do fato de que nenhum dos habitantes da cidade tinha ideia da existência dos mutantes.
A última batalha, durante a qual a equipe perdeu muitos companheiros próximos, terminou em vitória. Mas, dessa vez, os rostos de seus heróis foram vistos por todos os habitantes da cidade. Inesperadamente, para as próprias tartarugas mutantes, elas foram recebidas com carinho e gratidão. A notícia de que a cidade estava protegida rapidamente se tornou a principal história em todos os canais de TV. Mas à frente dos heróis estava um teste ainda mais sério — robôs, que pretendiam tomar os primeiros territórios atingidos. Sem o apoio dos amigos, lidar com o próximo inimigo será mais difícil do que se imaginava.