O enredo dessa série animada se passa no universo de Star Wars e ocorre após os eventos abordados no terceiro episódio de The Clone Wars. Os espectadores encontrarão mais uma vez personagens conhecidos — um esquadrão especial de clones de elite com mutações genéticas, também conhecido como «Defective Batch». Cada soldado clone tem sua própria especialidade — um erro em sua criação deu a cada um deles uma habilidade única. Após a Guerra dos Clones, eles assumirão missões mercenárias ousadas. O grupo de Clones 99 geneticamente defeituosos é composto pelo líder Hunter, o meio-dróide Echo, o mais inteligente dos soldados clones Teh e o poderoso mestre de armas Kroskhair. Todos eles são liderados pelo Capitão Rex.
Ao retornar a Kamino para ver o que está acontecendo e avaliar a situação, o Misfit Party fica sabendo da criação do formidável Império Galáctico. Além disso, o Almirante Tarkin planeja quebrar o contrato com os Kaminoanos que permite a criação de clones. Suspeitando de algo errado, Hunter percebe que há algo errado aqui, com um soldado clone questionando sua lealdade. Com a ajuda dos recursos técnicos de Teh, a equipe obtém informações importantes. Mantendo contato com o mundo dos computadores, os soldados gradualmente encontram acesso aos planos do Império. Além disso, Hunter procura a ajuda de Omega, um jovem paramédico que trabalha para Kamino sob o comando de Nala Se.
Omega também é um clone geneticamente modificado, portanto, ela sente que o Misfit Party é seu irmão e deseja se juntar a eles em suas aventuras. Após as informações recebidas de Ômega, as suspeitas de Hunter são confirmadas, o que aumenta a tensão do que está acontecendo. O Almirante Tarkin foi enviado a Kamino para declarar que eles não vão pagar o preço total por um exército de soldados clones, mas, acima de tudo, ele quer ver o esquadrão em ação, e esse teste de suas habilidades mais tarde se transforma em uma verdadeira batalha com droides armados.
