A pequena princesa do reino subterrâneo, que não sabia o que era tristeza, mentira, dor e infortúnio, vivia sonhando com o mundo real, habitado por pessoas, com um céu azul infinito, luz do sol e uma brisa suave e carinhosa. Depois de enganar os guardas, ela finalmente conseguiu chegar ao lugar que tanto desejava. Ofuscada pelos raios de sol, perdeu a memória de sua vida anterior, e seu corpo, com o tempo, começou a definhar devido ao frio, à dor e às doenças. A princesa morreu, mas seu pai não perdeu a esperança de se reencontrar com a filha amada, pois sabia que a alma dela, um dia, voltaria ao reino subterrâneo, mesmo que em um corpo estranho. Espanha, 1944. A Guerra Civil havia terminado, mas os guerrilheiros armados, escondidos nas montanhas, continuavam a resistir ao regime fascista, que havia tomado o poder e tentava exterminar os últimos sobreviventes. Uma menina de dez anos chamada Ofélia, com uma imaginação muito fértil e que não larga de mãos o livro com seus contos de fadas favoritos, parte com sua mãe grávida para o acampamento dos rebeldes. Lá as espera o atual marido da mãe e padrasto de Ofélia, um assassino impiedoso e líder dos rebeldes, tudo em uma única pessoa: o capitão Vidal. Incapaz de lidar com a cruel realidade ao seu redor, a menina decide, certa noite, seguir uma fada que já há alguns dias vem aparecendo diante de seus olhos. A fada a leva a um labirinto mágico na floresta, onde habita o Fauno — uma criatura fabulosa que conhece diversas lendas. É ele quem conta a Ofélia a história da princesa, cuja alma agora habita no corpo da menina. A criatura lhe dá três tarefas, que ela deve cumprir até a meia-noite; caso contrário, não poderá voltar para o seu pai no reino subterrâneo. Ao mesmo tempo, o capitão, com seu esquadrão, está caçando os últimos guerrilheiros...
