Depois que o capitão Jack Sparrow não cumpriu os termos do acordo com o poderoso rei dos mares, Davy Jones, ele foi enviado para um lugar estranho, onde sua imaginação brincava com sua mente de maneiras bem peculiares. Enquanto isso, Jones, escravizado por Beckett, era obrigado a obedecer às ordens, já que seu coração estava nas mãos do lorde. Elizabeth Swann, o capitão Barbossa e Will Turner procuram uma maneira de resgatar Jack e acabam indo parar em Cingapura, na casa do pirata Xiao Fen, de quem recebem um mapa e um navio. Will firma com Xiao um acordo mutuamente vantajoso, pelo qual um recebe o navio e o outro, consequentemente, Jack Sparrow. Mas, posteriormente, Xiao Fen quebra os termos do acordo e trai Jack. A deusa dos mares, Calipso, foi aprisionada em um corpo humano durante o Primeiro Conselho da Irmandade dos Piratas, e Xiao supõe que se trata de Elizabeth. Ele propõe convocar o Segundo Conselho e libertar a grande deusa para que ela ajude a derrotar Davy Jones, mas acaba morrendo durante o ataque do “Holandês Voador”. Ao morrer, ele entrega à moça seu símbolo de poder — o pesco —; agora ela será a baronesa pirata e capitã do navio. No Conselho dos Piratas, cada um vota em si mesmo, e apenas Jack Sparrow apoia a candidatura de Elizabeth, que se torna a Rainha dos Piratas e declara guerra à Companhia das Índias Orientais. Na Baía dos Navios Naufragados, uma batalha acirrada se desenrola entre os navios piratas e os soldados da Companhia das Índias Orientais; em um momento decisivo, o capitão Barbossa declara Will e Elizabeth marido e mulher. Em seguida, Jones ataca e fere mortalmente Will com uma espada. Para preservar a vida fantasmagórica do filho, Bill Turner arranca seu coração e o coloca em um baú. O “Holandês Voador” emerge das profundezas para a superfície do mar com toda a tripulação viva, pois agora eles têm um novo capitão. Após uma salva massiva, a armada da Companhia é destruída e os piratas comemoram a vitória. Bill Turner não quer deixar o navio e permanece no “Holandês Voador” ao lado do filho. O capitão Barbosa liberta a deusa do corpo de Tia Dalma; após anos passados nesse corpo, ela ficou enfurecida com os humanos e, ao se despedir, se transformou em mil caranguejos e desapareceu. Após o fim da batalha e a gloriosa vitória, Elizabeth se encontrou na ilha com Will; somente daqui a 10 anos ele poderá voltar para ela e pisar em terra firme. Ele substituiu Davy Jones no cargo e agora deve conduzir as almas dos mortos para o outro mundo. Depois de uma aventura e tanto, Jack Sparrow vê seu precioso “Pérola Negra” desaparecer no horizonte sob os raios do sol — foi Barbossa quem roubou o navio de novo; agora ele quer procurar a fonte da juventude eterna. Mas — não era para ser! O astuto Jack fez um enorme buraco no mapa!
