Os acontecimentos do filme “Legião” se desenrolarão em um futuro distante, no qual a Ásia se tornou o centro de toda a economia mundial. Policiais e altos escalões do poder controlam todos os países da Eurásia e, diante de qualquer violação, mesmo que mínima, punem severamente os culpados; além disso, tentativas de resistência podem ser punidas com a pena de morte. Enquanto isso, em regiões remotas da fronteira, a guerra sangrenta não dá sinais de cessar, os recursos do exército estão se esgotando e, mesmo em pequenas cidades pacíficas do Japão, há uma verdadeira epidemia de doenças. Devido a essa situação tensa e complexa no país, e pelo fato de que, recentemente, o índice de mortalidade da população aumentou drasticamente, as autoridades superiores decidem aprovar o projeto do melhor especialista na área de “engenharia genética”, o Dr. Azuma. A essência desse projeto é bastante simples: recriar artificialmente órgãos humanos e quaisquer partes do corpo humano, e transplantá-los para pessoas que precisam deles. Mas esse projeto sofre um verdadeiro fracasso, pois todos os corpos criados por esse cientista ganham vida inesperadamente — e não apenas ganham vida, mas declaram guerra contra seus próprios criadores! Por isso, toda a humanidade tem apenas uma esperança de salvação, e essa esperança é o filho do Dr. Azuma.
