Já conhecido pelo público desde o filme anterior, o ex-agente da CIA — e agora assassino profissional — que perdeu a memória, Jason Bourne (Matt Damon), volta às telas. Três anos após os acontecimentos do primeiro filme de ação, ele vive escondido na Índia junto com sua namorada, Marie-Hélène Kreuz (Franka Potente). Enquanto isso, em Berlim, a situação está agitada: as investigações sobre o roubo de uma quantia astronômica da CIA ainda continuam. Apesar de todos os esforços de Pamela Landy (Joan Allen) para obter os documentos que revelariam o nome do ladrão, essa operação especial fracassa. O assassino Kirill (Karl Urban), que trabalha para o oligarca russo Yuri Gretkov (Karel Roden), mata um agente da CIA, rouba os documentos e deixa as impressões digitais de Bourne na cena do crime. Em seguida, ele parte para a Índia a fim de eliminar Born, mas acaba matando Maria acidentalmente. Achando que seu objetivo foi alcançado e que Born está morto, Kirill retorna à Europa. Bourne parte em sua perseguição para descobrir o motivo do ataque e descobre que é suspeito de vários crimes recentemente cometidos em Berlim. Bourne segue para a Alemanha, mais do que certo de que está sendo perseguido por pessoas de seu passado. Tentando descobrir quem e por que está atrás dele, o protagonista encontra um ex-agente do projeto “Threadstone”. Com ele, Born descobre que está sendo acusado de assassinatos e de ter frustrado uma operação em Berlim. Agora, ao protagonista não resta nada a fazer a não ser provar sua inocência. Ele parte para Moscou a fim de encontrar Kirill e seu chefe, Yuri Gretkov, envolvido no desvio de dinheiro.
