Por mais lamentável que isso possa parecer, a situação geral dos mutantes em meio à humanidade, que não possui habilidades sobrenaturais, torna-se cada vez mais desoladora a cada dia que passa. Agora que eles finalmente saíram das sombras e se revelaram à humanidade em sua verdadeira forma, uma guerra feroz se desenrola entre Magneto e Xavier. Os primeiros elaboram planos cada vez mais novos para subjugar os humanos e o planeta como um todo, enquanto os segundos se esforçam para encontrar uma alternativa que permita aos mutantes coexistirem pacificamente com os humanos. Um novo golpe inesperado é o ataque de um criminoso desconhecido, cujas habilidades incrivelmente poderosas podem destruir literalmente o mundo inteiro. Enquanto isso, pessoas comuns tentam desenvolver um novo sistema de registro para os mutantes, e alguns criam seu próprio exército para combater os visitantes indesejados, liderado por William Stryker. Há uma reputação nada lisonjeira em torno desse homem; dizem que, num passado recente, ele realizou experiências cruéis com mutantes. E é preciso dizer que Xavier e sua equipe imbatível têm todos os motivos para confiar nessa informação. É óbvio que Logan, mais conhecido por nós pelo apelido de “Wolverine” e que luta no exército de Xavier, esteve de alguma forma ligado a William e ao seu trabalho peculiar no passado. Só que o próprio rapaz não consegue, de jeito nenhum, lembrar o que aconteceu com ele...