Nas profundezas das maravilhosas águas do mar, em um lugar chamado Grande Barreira de Corais, vive, em reclusão, Marlin — um peixe-palhaço. Ele é pai de seu único e querido filho, chamado Nemo. Sua esposa, Coral, morreu ao cair nas mandíbulas de uma barracuda e agora, como pai carinhoso, ele faz de tudo para proteger o pequeno de todos os tipos de perigos, que, em sua maioria, são inventados pelo próprio pai e existem apenas em sua cabeça. Mas não dá para negar o fato de que os perigos realmente existem e, infelizmente, são muitos. No entanto, seu filho Nemo é excessivamente curioso e inquieto. Ele se interessa por tudo e por todos, e tenta enfiar seu nariz comprido demais em todos os lugares. Ele tem um interesse especial por aquele mesmo Grande Recife, para onde o pai o proíbe de nadar. Nemo, assim como todos os alevinos, frequenta uma escola especial para alevinos, onde lhes ensinam todas as sabedorias da vida de peixes adultos. Certa vez, Nemo, cansado da supervisão intrusiva do pai, durante uma excursão, nadou propositalmente até aquele mesmo Recife e, claro, chamou a atenção de um mergulhador, que não perdeu a oportunidade de capturá-lo. O mergulhador, que por acaso era dentista, decidiu dar um presente à sua sobrinhazinha, oferecendo-lhe um peixe-palhaço. Só que a menina, totalmente indiferente à beleza do peixinho marinho, não tem a menor ideia de como cuidar do aquário e dos peixinhos que nele vivem. Assim, o peixinho corre risco de morte certa. O pai, inconsolável, decidiu encontrar Nemo a qualquer custo. Ele vai nadar até onde seu filho está e vai salvá-lo. Só que ele não sabe para onde ir. A única pista é uma máscara de mergulhador com uma inscrição que indica seu endereço e nome. É verdade que Marlin não sabe ler, mas, para sua sorte ou azar, ele encontrou Dory — uma peixinha cirurgiã. Ela sabe ler, mas tem uma memória muito curta. Porém, aconteceu um milagre, e, pela primeira vez na vida, ela se lembrou exatamente do que estava escrito na máscara. Ela memorizou o endereço: “P. Sherman, 42, Wallaby Way, Sydney”. É para lá que eles vão, para encontrar Nemo, que, enquanto isso, tenta, com a ajuda de seus novos amigos, escapar do aquário e voltar à liberdade, antes que seja dado de presente a uma menina que não sabe cuidar de peixinhos.