Certa vez, no Mar Mediterrâneo, foi encontrado um homem ferido (Matt Damon) que sofria de amnésia. Ele recebeu primeiros socorros imediatamente e, em seguida, encontrou em seu corpo uma cápsula com o número de um cofre bancário. O protagonista vê nisso uma pista para descobrir quem ele realmente é. Ele descobre que o banco fica em Zurique e parte para lá em busca de mais informações. No cofre do banco suíço, ele encontra uma grande quantia em dinheiro, o passaporte americano de Jason Bourne e uma arma. Por acaso, ele passa a ser perseguido pela polícia e pede ajuda à Embaixada dos EUA. Perto daquele prédio, ele conhece uma jovem chamada Maria Helena (Franka Potente), que tinha ido até lá para solicitar um visto, mas não teve sucesso. Jason oferece a ela uma quantia enorme de dinheiro em troca de uma viagem à França, onde ele supostamente mora. A moça concorda, mas, em Paris, um assassino profissional volta a perseguir Bourne. O protagonista tenta descobrir o motivo da perseguição e fica sabendo de uma notícia chocante. Na verdade, ele não é outro senão um ex-agente da CIA que se tornou assassino de aluguel. Agora, Born está certo de que não quer mais exercer essa profissão e prefere começar uma nova vida. Maria oferece a ele refúgio na casa de um conhecido, mas mesmo lá seus perseguidores o encontram, decididos a matá-lo. Born rastreia um apartamento secreto da CIA e vai até lá para esclarecer o que está acontecendo. No fim das contas, Jason lembrou-se de que era membro do grupo secreto “Threadstone”. Quando foi enviado para sua última missão, tudo saiu fora do planejado e a missão fracassou. Ele deveria ter eliminado o ex-líder africano Nikwan Vambozí (Adewale Akinnuoye-Agbaje), mas não conseguiu fazê-lo na frente dos filhos dele.
