Zion é a única cidade onde vivem humanos. Os rebeldes que lutam contra as máquinas ficam sabendo que as máquinas do exército dos Guardiões estão escavando o solo para chegar à cidade e estarão lá em 72 horas. O Comandante Locke dá ordens para que todas as naves retornem e defendam Zion. De acordo com a profecia, Neo é o escolhido. Ele descobre que tem superpoderes: a capacidade de ver códigos dentro da matriz, supervelocidade e previsão de eventos. Neo, Morpheus e Trinity lideram a luta do povo pela liberdade, contra um exército de máquinas. Para destruir todo o sistema e explorar os humanos, eles usam não apenas armas, mas também seus superpoderes. Depois de entrar na Fonte, Neo encontrou o Arquiteto, que lhe disse que a profecia era apenas uma ficção. A tarefa do Escolhido era apenas selecionar algumas pessoas para prolongar a espécie e reiniciar a Matrix. Entretanto, Neo tem uma diferença em relação aos Escolhidos anteriores: ele foi criado usando novas equações.
