Então, o cenário é um laboratório subaquático. A protagonista do filme “O Mar Azul Profundo” é Susan McAllister. Ela lidera um grupo de cientistas que trabalha na criação de um medicamento contra a incurável doença de Alzheimer, utilizando em seus experimentos um extrato obtido do cérebro de tubarões-mako. Os cientistas enfrentam uma grave escassez de material de base, já que o cérebro de seus animais de laboratório é muito pequeno; por isso, recorrem a métodos proibidos para, por meio da engenharia genética, aumentar o tamanho do cérebro dos tubarões. Assim, poderão utilizar uma quantidade maior de tecido cerebral, sem medo de que a experiência fracasse. Mas algo não saiu como planejado. Com o aumento do cérebro, os tubarões se transformaram em seres quase inteligentes, capazes de enganar e superar em astúcia seus próprios criadores. Ao perceberem o que haviam feito, os cientistas tentam, com todas as forças, neutralizar os tubarões enfurecidos, que tentam matar pessoas e fugir para a liberdade. No entanto, isso é praticamente impossível. A fúria, a fria calculista e a inteligência quase humana, aliadas a mandíbulas afiadas e implacáveis, rasgam e esmagam tudo o que encontram pelo caminho. Uma das tubarões em cativeiro consegue escapar para o mar aberto e, lá, ataca os turistas que estão em um catamarã. Com esforços conjuntos, os funcionários conseguem, por fim, levá-la de volta ao seu local, mas o pesadelo está apenas começando. Os tubarões não querem participar da experiência e tentam, com todas as forças, impedir que extraiam de seus corpos essa substância tão necessária aos humanos. São apenas três, mas sua astúcia e imprevisibilidade as tornam duas, senão três vezes mais perigosas do que os tubarões comuns e “burros”, que matam apenas para se saciar...