Na história, há três anos, a épica Guerra dos Clones começou, e a República Galáctica, antes pacífica e tranquila, antes um estado harmonioso e benevolente, tornou-se um campo de batalha de clones e droides. De um lado está o Conde Dooku, que é o «Senhor das Trevas» dos Sith, e do outro está o Chanceler Palpatine. A República Galáctica está afundando lenta mas seguramente no abismo da escuridão e do horror geral.
Mas ainda há aqueles na Galáxia que podem resistir ao avanço do «Mal», pronto para consumir tudo ao seu redor — esses são os Cavaleiros Jedi.
Mas a verdadeira batalha está no fundo da alma de Anakin, um Jedi jovem, mas esperançoso. Sua alma está literalmente sendo dilacerada. Anakin ama Padmé Amidala, que é senadora e sua esposa, mas ele tem uma enorme obrigação com o futuro da galáxia, pois é um Jedi e não é correto ficar de lado quando há caos, uma verdadeira guerra civil. Enquanto Anakin Skywalker tenta resistir às tentações instiladas por Palpatine — para obter conhecimento do «Lado Negro» que lhe permitirá salvar da morte seus entes queridos, Obi-Wan Kenobi derrotou o General Grievous, e seu mentor Yoda está reunindo forças em seu planeta para resistir à invasão dos inimigos Separatistas. Será que Skywalker conseguirá enfrentar o «Lado Negro»? Afinal, o futuro de todo o Universo Galáctico depende do caminho que ele seguirá.