No mundo galáctico, o «espectro da crise» está se tornando cada vez mais evidente na forma do Conde Dooku, que é um Jedi de nascimento, mas um renegado de espírito. Ele é o líder do movimento separatista, que se comprometeu a ajudar o desenvolvimento do sistema capitalista e garante a não interferência absoluta nos assuntos internos de outros planetas. Padme Amidala, que é senadora, se opõe à formação do Grande Exército, pois teme que seus números e sua moral os impeçam de se tornarem soldados de verdade. Mas logo ocorre uma tentativa de assassinato contra ela e Padmé é enviada sob a proteção dos Jedi, enquanto seu chefe é caçado por Zam Vessell.
Anakin e Obi-Wan Kenobi conseguem impedir o assassinato e até capturam Zam, mas ela é «eliminada» antes que possa dizer qualquer coisa. Kenobi foi designado para investigar o misterioso crime, e a proteção de Padmé foi dada a Anakin, que, devido ao seu temperamento jovem e muito violento, às vezes gosta de se gabar, além de entrar precipitadamente em brigas com forças inimigas superiores sem pensar nas consequências. Mas a presença próxima de Padmé, sua proteção e segurança arrefecem o ardor de Anakin e ele se concentra em protegê-la, embora ela tenha que lembrá-lo constantemente de seu dever para com a República, que vem antes dos relacionamentos pessoais.