Gotham está novamente em grave perigo e, dessa vez, até o próprio Cavaleiro das Trevas pode ser impotente diante da sofisticação dos vilões, já que ele quase morre logo no início do filme. O super-herói é atacado por um Mr. Freeze, mas graças à rápida intervenção de Robin, a tragédia é evitada, mas o criminoso escapa ileso. Mais tarde, ele une forças com uma garota cientista, que é morta por causa das atividades de seu supervisor maluco. Ela se transforma em uma protetora da vida vegetal e em uma verdadeira criminosa, capaz de seduzir até o próprio Bruce Wayne. Quando Batman captura Freeze, a garota une forças com Bane para resgatar sua alma gêmea. Se três vilões perigosos se juntarem, será difícil até mesmo para dois super-heróis resistirem a eles, especialmente porque Robin tem lutado com seu mentor ultimamente — ele está fascinado pelos feromônios tóxicos da cientista e segue suas ordens.
