O segundo filme não teve tanto sucesso quanto o primeiro em termos de bilheteria geral, talvez porque seu conceito tenha mudado um pouco, já que se dirigia a um público mais jovem do que ao adulto. O filme continha menos cenas em tons sombrios, e as Tartarugas Ninja foram criadas praticamente sem o uso de computação gráfica. O enredo se aproximava mais da série de desenhos animados de 1987, não em termos de conteúdo, mas de espírito. Inicialmente, previa-se incluir o Bibop junto com o Roxedy no roteiro, mas os criadores das Tartarugas Ninja se opuseram categoricamente a isso e, como alternativa, foram introduzidos no filme novos personagens: Razor e Tokka, que são companheiros mutantes do principal antagonista das Tartarugas Ninja — Shredder, a quem as tartarugas derrotaram na primeira parte, e nossos heróis ganharam o companheiro Keno. Assim, após a vitória sobre Shredder, nossos heróis agora procuram um novo lugar para morar. Eles “ocuparam” temporariamente o apartamento de April, que passa o dia inteiro ocupada com o trabalho. Desta vez, a repórter fez uma “reportagem bombástica”, na qual falava sobre uma empresa chamada “TGRI”. Foi justamente depois disso que o professor e mentor das Tartarugas Ninja decidiu mostrar aos seus pupilos um certo contêiner (quebrado), no qual se encontrava justamente aquela substância — o mutagênico — que transformou os garotos em mutantes. Enquanto isso, Shredder, que sobreviveu, sonha em se vingar das Tartarugas Ninja, mas percebe que, sozinho, não conseguirá. Por isso, Shredder decide sequestrar o professor Perry para obrigá-lo a criar mutantes para ele. Foi assim que surgiram os Tokki, disfarçados de tartarugas, e o Razer, na forma de lobo. O corajoso, mas excessivamente confiante, Rafael, que partiu sozinho — ou quase sozinho, já que Keno também foi com ele — em busca do clã Futa, caiu em uma emboscada...
