A protagonista do filme — Maggie McKeon (H. Menzes) — trabalha em um departamento de busca por pessoas desaparecidas. Ela está investigando o desaparecimento de Barbara e David. Durante as buscas, a jovem se deparou com Paul Grogan (B. Dillman), um bêbado local considerado um eremita, já que tenta não se relacionar com ninguém. Ela pediu que ele a ajudasse a encontrar os jovens. Paul, com grande relutância, concordou em acompanhá-la. Depois de algum tempo, bem perto da cabana do recluso, eles encontraram uma espécie de instalação militar, em cujo terreno, perto da piscina, avistaram os pertences do rapaz e da moça desaparecidos. Maggie decidiu esvaziar a piscina para, pelo menos, encontrar os restos mortais dos adolescentes, mas descobriu que eles não estavam sozinhos naquela instalação. Lá, há muito tempo, mora um cientista que tentou explicar a eles que isso não poderia ser feito de forma alguma. Caso contrário, o que os cientistas militares estavam pesquisando acabaria indo parar em um corpo d’água aberto, e isso seria uma catástrofe. Os peixes, como resultado das experiências, se reproduziram e sofreram mutações; por isso, se soltas, as piranhas poderiam destruir todo ser vivo que estivesse na água ou que, por descuido, entrasse nela. No entanto, as piranhas acabaram encontrando o caminho para águas mais profundas. Surgiram as primeiras vítimas, e uma investigação foi iniciada. Os militares voltaram a se envolver no caso, mas não querem declarar um alerta biológico; muito pelo contrário, Maggie e Paula, que viram os mutantes e imaginam o que eles podem causar, são declaradas criminosas e presas pela polícia. Será que Maggie McKeon, junto com seu ajudante voluntário, conseguirá escapar das garras da polícia e salvar o meio ambiente da invasão das piranhas, apesar da resistência feroz das autoridades locais, apoiadas pelos militares?
