Em meados do século XIX, a cidade italiana de Bolonha tornou-se parte da Província Papal, um território governado diretamente pela Santa Sé. Ela tem suas próprias regras e leis, uma força policial especial e um exército.
A grande família judia Mortara pensa pouco em política e poder e raramente pensa em religião. Até o dia em que soldados invadem sua casa e arrancam seu filho mais novo, Edgardo, dos braços de seus pais. A Igreja Católica soube recentemente que o menino de uma família judia foi batizado quando bebê. Isso foi feito por uma empregada de bom coração, que temia que o bebê morresse e sua alma perecesse. Os hierarcas da igreja decidem fazer desse caso um claro chamado para a união da Igreja Católica. Afinal, de acordo com as leis dessa pequena região, as crianças que se converteram ao cristianismo não podem ser criadas em famílias não cristãs.
Esse caso vai abalar o público europeu, especialmente os círculos liberais que defendem a secularização do Estado. Mas todos os esforços para trazer Edgardo de volta para casa enfrentarão uma resistência frenética dos fiéis.
