O filme dará sequência à batalha explosiva entre Godzilla e Kong com uma aventura cinematográfica totalmente nova. O poderoso Kong e o temível Godzilla enfrentarão um perigo desconhecido de proporções colossais escondido em nosso mundo. Sua própria existência, assim como a dos humanos, estará ameaçada. O novo filme épico continuará a se aprofundar na história dos titãs, suas origens e os mistérios da Ilha da Caveira. Ao mesmo tempo, será revelada a batalha épica que ajudou a criar essas incríveis criaturas e as ligou para sempre à humanidade.
A ação do filme se desenrolará após os eventos mostrados no filme anterior, quando Kong ajudou seu antigo arquirrival a derrotar Mechagodzilla. O enorme macaco vive na Terra Oca, localizada dentro do ecossistema do planeta. Godzilla está hibernando no gelo da Antártica após sua batalha contra Mechagodzilla. Ele precisa despertar e unir forças com Kong contra inimigos comuns. Um de seus rivais é o orangotango gigante King Scar. Juntos, Godzilla e Kong enfrentam um perigo mortal. A luta não pode ser perdida, caso contrário, não apenas eles, mas também os humanos morrerão. O filme abre o mistério da origem dos gigantes e ajudará o espectador a resolver os mistérios da Ilha da Caveira.