Vale lembrar: no filme original, os animais de estimação, que desde tempos imemoriais não se suportavam, continuavam em conflito. Os gatos elaboraram um plano astuto para expulsar os cães dos corações das pessoas e de suas casas. Eles tentam contagiar toda a humanidade com alergia ao pelo de cachorro. E os cães, é claro, resistem desesperadamente e tentam impedir esse plano. A sequência contava sobre aventuras de espionagem, nas quais as principais partes em conflito eram a gata canadense da raça Sphinx, apelidada de Kitty Galore, que era uma superagente, e o agente que se opunha a ela — o cão Rex. O enredo do filme Gatos contra Cães 3: Patas, Unam-se: o cão Roger e a gata Gwen, que também são superagentes, decidem unir forças para salvar o mundo — algo que as pessoas nem suspeitam e nunca saberão a quem a humanidade deve sua sobrevivência. Gatos e cães decidiram firmar a Grande Trégua, que já dura uma década. No entanto, a coexistência pacífica dos dois grupos está ameaçada, pois o principal vilão, um papagaio, descobriu um método para controlar certas frequências que só gatos e cães conseguem ouvir. Será que os heróis vão conseguir perceber que estão sendo incitados à briga por aquele pássaro covarde, ou as duas espécies voltarão a ser inimigas…
