Caesar, junto com sua esposa Lisa e seu filho Cornelius, quer mudar a sociedade tentando cultivar uma vizinhança pacífica entre os remanescentes da raça humana e os macacos. Mas nem todo mundo é tão pacífico. O general Aldo se opõe à iniciativa de Caesar e quer aprisionar os remanescentes dos humanos, que vagam livremente pelas cidades dos macacos e quase não trabalham.
César se pergunta se seus próprios pais poderiam ter encontrado uma saída para essa situação. Ele decidiu pesquisar na história e encontrou registros de arquivo sobre a Cidade Proibida. Junto com MacDonald e Virgil, Caesar foi em busca dessa cidade. Acontece que essa cidade é habitada por sobreviventes do desastre. Eles estão contaminados com radiação e seu líder é um tal de Ruler Kolp. E enquanto César está tentando descobrir como evitar o desastre no futuro, Kolp quer destruir os macacos.
