A ação desse filme se passa quase duas décadas depois do que aconteceu na Terra no filme anterior. Após a catástrofe da pandemia espacial em 1983, não havia mais gatos e/ou cachorros, então as pessoas decidiram ter macacos como animais de estimação. Esses eventos foram previstos em 1973 pelo próprio Cornelius, antes de ele, Zira e o bebê morrerem. No entanto, mais tarde, descobriu-se que o bebê sobreviveu. Ele recebeu o nome de Caesar e cresceu no circo graças a Armano, que saiu e criou um bebê em perigo que estava à beira da vida e da morte.
Estamos em 1991 e o circo em que César e Armano trabalham está viajando pelo país e fazendo apresentações. Armano tenta manter em segredo que seu protegido não é um simples chimpanzé, que são muitos, e ele, depois que o circo chegou à cidade grande, decidiu avisar César para ficar calado, a fim de preservar sua própria liberdade e vida. Mas Caesar tem muito mais humanidade do que os próprios humanos, que são extremamente cruéis com seus parentes. Em um determinado momento, ele não suportou e se manifestou, o que levou a consequências imprevisíveis.
O inteligente chimpanzé teve que se esconder das pessoas que se enfureciam em sua selvageria e fúria, mas, em algum momento, ele percebe que isso não pode mais continuar e decide se rebelar.
