O filme animado nos leva a algum tempo depois dos tristes eventos em que Peter Parker, salvando pessoas, morreu heroicamente nas mãos de outro vilão astuto e desonesto, e conta as aventuras de um adolescente afro-americano, Miles Morales, que descobriu seus superpoderes. Morando em Nova York, o jovem sofreu o mesmo destino de Parker — foi mordido por uma aranha incomum que apareceu em um laboratório secreto. Depois de testar e dominar suas habilidades incomuns adquiridas inesperadamente, Miles um dia percebe que está pronto para realizar atos heroicos. Vestido com um traje de látex, ele se apresenta como o novo Homem-Aranha e se defende para sempre. O super-herói imediatamente adquire uma massa de malfeitores, ansiosos para atacar a qualquer momento conveniente. E o mais terrível para ele são seus inimigos secretos. Ciente do nível proibitivo de perigo que o ameaça, Miles está procurando aliados para trabalhar em conjunto. E eles logo aparecem. O herói do filme animado propõe que eles ajam juntos, unindo-se em uma equipe.
