Somente Tomás e seus amigos conseguiram, por um milagre, escapar do Labirinto e perceber que nem tudo no mundo é tão maravilhoso quanto se gostaria, e que uma nova ameaça se aproxima. Parecia que a organização “Profeta”, que supostamente tem a missão de proteger e zelar pelos que saíram do Labirinto — e, de modo geral, por seus próprios cidadãos -, na verdade não era tão nobre assim. Os jovens são “são “alimentados” com histórias sobre a segurança dentro das paredes do “Profeta”, de que há uma infinidade de infectados no planeta e que, lá fora, fora dos muros da organização, uma morte inevitável aguarda as pessoas saudáveis. Tudo estaria bem e os jovens talvez continuassem acreditando nos líderes da organização do filme “A Corra do Labirinto”, se não fosse por um “mas”… Thomas achou estranho que sua namorada tivesse sido levada para a ala médica sem que nada fosse explicado a ninguém. Simplesmente a escoltaram até a sala dos médicos e colocaram seguranças que não deixavam passar nenhum dos amigos que queriam saber por que a garota estava lá e o que estava acontecendo. O comportamento estranho da equipe médica deixou Thomas desconfiado, e ele decide segui-los. Pelo duto poço de ventilação, ele e um de seus amigos entraram furtivamente em um local fechado, cujo acesso era proibido para pessoas comuns, que não fossem da equipe. E qual não foi a surpresa dos rapazes quando viram criaturas estranhas em recipientes cheios de líquido e conectadas a aparelhos. Mas isso ainda não era tudo. Em outra sala, os garotos descobrem jovens conectados a aparelhos estranhos diretamente ao cérebro e suspensos a poucos centímetros do chão. Thomas e seus amigos do filme “O Corredor do Labirinto 3” percebem que estão presos e que vão ser usados para fins incompreensíveis. Só resta uma opção: fugir. Depois de escaparem com dificuldade daquela fortaleza inexpugnável, eles se viram em liberdade. Mas ao seu redor havia apenas ruínas da cidade e areia. Os jovens percebem que nada acabou ainda e que serão perseguidos por essa organização estranha. Não lhes resta outra opção a não ser se esconder em casas destruídas das pessoas que os perseguem “O Profeta”. Mas não é apenas o perigo representado pela organização que os ameaça. As pessoas que sofreram mutações sob a pressão do vírus também não hesitam em descarregar sua agressividade sobre eles, tentando matá-los. Durante sua jornada, os jovens chegam a um certo acampamento de pessoas que estavam saudáveis e não estavam infectadas. Assim como Thomas e seus amigos, elas também se escondiam do “O Profeta”, do filme “Matricial: A Cura para a Morte”. Mas a caçada da organização se torna cada vez mais intensa, Thomas perde cada vez mais amigos e percebe cada vez mais claramente que “O Profeta” não tem intenção de parar; então, ao jovem ocorre a única solução correta, em sua opinião: deter ele mesmo as pessoas da organização. Ele decide lutar.
