O maior horror do fantástico -de ação e aventura “Godzilla 2”, habitava outrora em uma misteriosa caverna filipina, escondida dos olhos do mundo, mas desapareceu de lá de forma igualmente enigmática. As primeiras testemunhas da presença daquela criatura desconhecida naquele local foram cientistas em 1999, que testemunharam a fuga de algo incrivelmente gigantesco, que se escondeu nas profundezas do mar. No mesmo local, foi encontrado um esqueleto de tamanho impressionante, aparentemente um parente do ser que fugiu, que morreu há cerca de dois milhões de anos. Na mesma época, ocorre uma terrível tragédia, na qual o engenheiro Brody perde sua esposa e sua equipe de trabalho, que ele próprio destrói para salvar toda a cidade de Tóquio da destruição. Aquele dia trágico, que começou com um estranho terremoto inexplicável pela ciência, contribui para a avaria do reator, e este, por sua vez, espalha vapor radioativo pelo prédio, prestes a se dirigir em direção à capital. Joe parte o próprio coração, mas faz o que um engenheiro profissional deve fazer. A morte da esposa é inevitável. Passam-se quinze anos, mas Brody ainda não encontrou paz. Até hoje, o ancião tenta provar a natureza mística dos tremores sísmicos do passado. O engenheiro vagueia pela zona proibida da usina nuclear destruída, de onde é resgatado por seu filho, agora adulto e que se tornou sapador militar. Na opinião de Brody, algo misterioso e definitivamente vivo está prestes a despertar de seu sono e, após a destruição da usina nuclear, se dedicará a algo mais significativo, como, por exemplo, decidirá destruir a humanidade. O velho, que se intromete demais em todos os assuntos secretos, é preso, mas na mesma base onde pretendem realizar o interrogatório, ocorre um incidente terrível. Um estranho casulo trazido para lá, que emite pulsos eletromagnéticos, deixa todos os aparelhos elétricos da base fora de serviço. A confusão continua, pois do casulo surge um monstro voador agressivo, que destrói e mata todo mundo à sua passagem, e que não consegue ser controlado, já que a criatura voa para longe, escondendo-se na noite. Descobre-se que se tratava de um antigo kaiju oriental que se alimentava de radiação, já que todos os reatores nucleares ficaram a zero após sua farto e voraz refeição. Joe morre após um ferimento fatal. O filho não dá ouvidos ao conselho do pai falecido e continua a caçada à criatura gigante, contando aos cientistas sobre todas as pesquisas únicas do pai, que até pouco tempo atrás era considerado louco. A ecolocalização usada pelo monstro deixa claro que a criatura não está sozinha neste mundo e convoca um certo companheiro monstruoso para ajudá-lo. O cientista Serid Zawa se lembra de um caso anômalo em que, em 1954, um submarino tentou matar uma criatura semelhante usando uma bomba atômica, mas, ao que tudo indica, a tripulação do submarino não conseguiu dar conta dessa missão de grande responsabilidade. Serizawa também descobre a existência de Godzilla, que, segundo todos os cálculos do cientista, pretende destruir o kaiju ou perecer na batalha. O monstro atômico continua seu banquete sinistro, devorando sem pudor os mísseis nucleares no Havaí. Impulsos eletromagnéticos ajudam a criatura a acabar com os caças em um piscar de olhos. Godzilla, que chegou ao local, contribui involuntariamente para a formação de um tsunami na ilha. Ela persegue seu inimigo rumo ao leste. O segundo casulo, localizado em Nevada, também ganha vida. Sua habitante monstruosa, que acaba sendo uma fêmea, segue em direção a Las Vegas, já que não sabe voar, e começa a destruir todos os cassinos pelo caminho. O kaiju macho tenta oferecer à fêmea — sua noiva — um presente na forma de um trem carregado de ogivas, mas Godzilla não fica de braços cruzados. A criatura atômica e o Lagarto iniciam uma batalha devastadora. Godzilla esmaga o kaiju macho com sua cauda poderosa e derrota a fêmea com seu sopro atômico. A ogiva é arrastada para o oceano, onde explode sem causar danos às pessoas. Restam poucos sobreviventes, mas os sobreviventes aplaudem Godzilla, que salvou a raça humana. Ela, soltando um grito de aprovação, se esconde nas profundezas do mar. Mas, infelizmente, essa não é a última batalha. O mundo é novamente ameaçado por monstros e pelo apocalipse. Desta vez, um trio inteiro: Ghidorah, Rodan e Mothra.
