O protagonista do filme é um homem comum, Seth Amber (Eckhart), que, antes do acidente que sofreu, não se se diferenciava das outras pessoas. Mas agora tudo mudou. Seth tornou-se uma pessoa insubstituível e passou a ser muito valorizado pelo Vaticano, pois adquiriu um dom extremamente raro: a capacidade de penetrar na mente de uma pessoa possuída. O fato de que, há há muito tempo imobilizou o protagonista, o recompensou com a capacidade de penetrar nas almas das pessoas que se encontravam sob o domínio das forças das trevas. Ele não é um exorcista, mas sabe tudo sobre a encarnação, até mesmo como penetrar na alma de uma pessoa até estabelecer contato total, em seu subconsciente, com o mal que escravizou a alma humana, e forçar as forças das trevas a abandonar o receptáculo que as abrigava. Utilizando técnicas de exorcismo, esse homem é capaz de purificar a alma do sofredor, expulsando de lá todos os espíritos impuros, subindo a cada vez mais alto nos degraus do autodesenvolvimento e tornando-se mais forte do que os servos do diabo, que são maliciosos e ávidos por capturar almas inocentes. Ele é um deficiente, vítima de um acidente, que agora se locomove apenas em uma cadeira de rodas, é capaz de fazer o que uma pessoa saudável e com as pernas firmes não conseguiria. O herói de “Encarnação” entra corajosamente na luta contra o mal, contra todos os inúmeros demônios, espíritos malignos e outras forças demoníacas. Sem perder tempo com hesitações, ele ajuda as forças da luz a curar pessoas doentes e fracas de espírito, pois esse homem sabe muito bem que ninguém se torna criminoso do nada. Aqueles que trilharam o caminho do crime — mataram, roubaram, estupraram — não o fizeram por vontade própria ou por capricho; isso significa que, em sua alma, se escondeu o mal, que ainda pode ser expulso, e a pessoa pode ser curada, fazendo-a enxergar de outra forma o mundo ao seu redor. Mas quando ele começa a tratar mais um menino possuído, ele percebe, horrorizado, que o destino lhe reservou uma surpresa muito desagradável e mortal. Ao penetrar na consciência da criança, ele descobriu ali aquele que, há muitos anos, destruiu toda a sua família e o deixou inválido para o resto da vida. O demônio que invadiu a alma da criança também reconheceu Set; a partir desse momento, começou entre eles um confronto mortal, enquanto entre eles se encontravam o corpo e a alma atormentados de uma criança que não tinha culpa alguma.
