Uma descoberta inesperada, na forma de uma pasta de seu pai com vários documentos, leva Parker a uma organização científica chamada «Oscorp» e ao antigo colega de seus pais, Kurt Connors. Depois de entrar sorrateiramente no centro de pesquisa sem perguntar, o adolescente é vítima de uma picada de uma das aranhas do local. Ao acordar na manhã seguinte, o garoto percebe que agora ele não é apenas o perdedor Peter Parker, mas um super-herói descolado, que pode se mover habilmente e sem equipamentos desnecessários na superfície das paredes, além de disparar uma teia super forte. O garoto da escola se torna uma pessoa completamente diferente e agora não tem medo de dar o troco no valentão Flash Thompson, que antes o maltratava constantemente. E até mesmo não se importa em flertar com Gwen Stacy, com a qual ontem ele só podia sonhar e tinha medo até mesmo de olhar inadvertidamente na direção da primeira beldade da escola.
Para o adolescente, parece que agora sua vida será repleta não só de aventuras, mas também de outros belos componentes — alegria, comunicação e até mesmo amor, mas a vida dos heróis do filme é mais dramática do que feliz e, infelizmente, Peter aprende isso muito rapidamente. Primeiro, por causa de seu descuido e de seu novo papel como Homem-Aranha, seu tio morre, que estava no lugar errado na hora errada por causa de seu sobrinho. Depois, por causa de seu desejo de conhecer o segredo de seus pais, Kurt Connors se torna um lagarto perigoso para toda a humanidade. O pai da amada de Gwen, o policial George Stacey, morre em serviço ao salvar um homem, uma aranha. E a própria Gwen perde a vida ao cair de uma torre alta e quebrar a coluna. Peter não conseguiu salvar quase nenhum daqueles que lhe eram queridos. Uma terrível depressão toma conta de sua consciência e, enquanto isso, novos crimes extraordinários começam a acontecer na cidade, que só podem ser resolvidos por um homem — uma aranha. Peter se recompõe e volta a vestir seu reconhecido traje vermelho e azul. Com uma dor terrível no coração, ele está pronto para continuar salvando a vida de estranhos.
