O enredo desse anime começa quando uma gigantesca nave alienígena apareceu pela primeira vez sobre Tóquio, lançando uma sombra de incerteza e medo sobre os moradores da cidade. Três anos se passaram desde sua chegada, mas ele ainda paira ameaçadoramente no céu e suas intenções são desconhecidas. A população de Tóquio se acostumou com a presença do porta-aviões, mas isso não significa que sua vida normal tenha voltado ao normal. Para as protagonistas desta história, duas jovens, Kadode e Oran, que lutam para superar as complexidades da adolescência, a presença do misterioso navio tornou-se mais uma parte de suas vidas diárias.
Enquanto o mundo ao redor de Kadode e Oran luta com as consequências da invasão alienígena, elas estão mais preocupadas com os dilemas típicos da adolescência — relacionamentos com garotos, problemas escolares e a busca por seus próprios interesses. A paranoia da mãe de Kadode sobre a suposta disseminação de doenças na nave-base reflete os medos irracionais que dominam a cidade. As teorias da conspiração florescem, alimentadas pela mídia social e pela incerteza da situação. Apesar da ameaça iminente, a vida continua em Tóquio, com seus residentes lutando para encontrar um senso de normalidade em meio à incerteza.
Diante da crise, a geração mais jovem parece notavelmente resiliente. Kadode e Oran, que cresceram à sombra do porta-aviões, adaptaram-se às novas normas. Enquanto os adultos ao seu redor lutam contra o medo e a incerteza, esses jovens protagonistas encontram um senso de estabilidade em meio ao caos. E como a nave alienígena é uma presença constante no céu, a vida continua em Tóquio enquanto seus residentes encontram maneiras de lidar com o futuro desconhecido que os aguarda.
