O filme animado conta uma história que se passa em Munique, no distante ano de 1923. Dois anos se passaram desde que Edward Elric chegou ao nosso mundo. Ele sente muita saudade de sua terra natal, onde todas as pessoas mais próximas ficaram: amigos, pais e o irmão mais novo favorito. Uma vez na Terra, o protagonista do anime «Steel Alchemist: Conqueror of Shambhala» perdeu suas habilidades e não pode mais fazer alquimia. No entanto, ele não desanimou e começou a estudar física com seu amigo Alfons Heiderich. Elric acredita que são as ciências exatas que o ajudarão a encontrar uma solução para seu problema e retornar à sua terra natal. Um dia, Edward ficou sabendo de uma terra mágica chamada Shambala. Há muitos portais que levam a diferentes mundos, inclusive Amestris, de onde ele é. Ele ficou sabendo disso por representantes da comunidade de Shambala. Isso lhe foi dito por representantes da Thule Society, uma organização nazista. Eles conseguiram descobrir a chave que leva ao querido país. Isso despertou no herói a esperança de voltar para casa. Edward parte em uma jornada perigosa, na qual terá muitas aventuras. Será que o herói conseguirá encontrar o caminho de volta e retornar à sua família?
